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問題点を取り違えたようですね。スミマセン!
http://www.asyura.com/0306/dispute11/msg/445.html
投稿者 あずさ2号 日時 2003 年 6 月 22 日 17:49:23:

(回答先: 先のご質問について 投稿者 最悪! 日時 2003 年 6 月 21 日 21:54:50)

最悪!さん、こんにちわ。

おたずねの趣旨、どうやら私の方が取り違えてしまったようですね。申し訳ありません。
問題は、具体的な「介護保険の市町村手続き代行費用」について、最悪!さんが関連する(?)社会福祉法人が消費税の申告をしていない、ということですね。

個々のケースは良く解りませんが、消費税の考え方からすれば、「株式会社等が同じ取引で課税取引とされるならば社会福祉法人でも課税取引とされる」ということになると思います。これがまず原則です。

次に、消費税については、社会政策的な配慮に基づき、いくつかの非課税取引を認めています。社会福祉法人の業務に関連するものとしては、次のようなものがあります。
・ 医療保険各法等の医療(介護保険そのものはこの中に含まれます)
・ 社会福祉事業法に規定する第一種社会福祉事業等
・ 第二種社会福祉事業及び社会福祉事業に類する事業
・ 身体障害者用物品の譲渡、貸付け等

最悪!さんの関連する社会福祉法人の収入のほとんどは、これらに該当するのではないでしょうか?そうすると「前々年の課税売上高が3,000万円以下の事業者は、消費税等の納付が免除されます。」という免税業者に該当する可能性が高く、代行手数料が課税取引であったとしても消費税の申告は不要ということになります。(株式会社やNPOの売上高はほとんどが課税取引ですので、すぐに課税事業者になってしまいます。)
多分これに該当すると思いますので、他の法人と違っても何ら問題はないのではないでしょうか。ただし、消費税において免税事業者を認めることがけしからん、ということであれば、それは簡易課税の問題などと同様、問題点の一つだと思います。

次に、考えたくはないのですが、社会福祉法人は消費税がかかることが少ないとの常識を利用して、または社会福祉法人は消費税は申告義務がないと誤った理解をして、申告しなければならないのに申告していない、ということも考えられます。これは、消費税の仕組みの問題ではなくなってしまいますが・・・・・。(これはいつか税務調査が入り、是正されます。)

介護保険関連についての消費税の取り扱いについては、税務当局は介護保険の何たるかを知らず、一方市町村などの行政サイドは消費税が全く解らない、という構造になっており、非常に難しい部分があることはご指摘の通りかと思います。

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