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小保方博士のSTAP細胞ネイチャー論文に疑義  日本の科学と技術
http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/204.html
投稿者 ダイナモ 日時 2014 年 2 月 18 日 19:15:45: mY9T/8MdR98ug
 

日本人若手女性研究者による快挙として日本だけでなく世界中を沸かせたSTAP細胞の発見ですが、驚いたことに、STAP細胞作製を報告した小保方博士らのネイチャー論文のデータの信頼性に関して疑義が生ずるという非常に残念な状況になっています。



異なる個体のマウスを用いた実験データのはずなのに、上図1bと図2gで胎盤(緑色の蛍光写真の中の、周辺部が茶色の円形の組織)の形態が、向きや縦横比は異なりますが酷似しており、同一個体の写真としか思えないという指摘がなされています。

またObokata et al., Nature 505,641–647の論文の図1iでは下に示すように明らかに3番のレーンを切り貼りした形跡が窺えます。



左側は論文の原図。右側はコントラストを変えて背景の明るさを強調したもの。3番目のレーンだけ背景が黒いため、切り貼りされたものとわかります。

また、同じ筆頭著者が2011年に出した論文に関してもゲル上のDNAのバンドを反転させて別の図に流用した可能性が指摘されています。

理化学研究所は「研究成果自体は揺るがないと考えている」そうですが、たとえ論文の一部であったとしてもデータの”不適切な取り扱い”があれば、論文そのものの信憑性が著しく低下することは否めません。

データの”不適切な取り扱い”は単純ミスなのか意図的なのか?

意図的だとしたら動機は?単純なミスなら原因は?

”不適切さ”が指摘された以外のデータに関しては、どこまで信用していいのか?

ネイチャー誌はこの問題にどう対処するのか(「訂正」を受け入れるのかそれとも「論文取り下げ」にするのか)?

理化学研究所は当人をどう処遇するのか?

そもそも本当にSTAP細胞はできていたのか?他の研究室でこの論文の実験結果の再現性は確認できているのか?

疑問が尽きません。

ちなみに、2013年日本分子生物学会年会のウェブサイト内の文書に、このような場合にネイチャー(Nature)編集部はどういう対処をするかに関して編集者の人の見解があります。


http://scienceandtechnology.jp/archives/2292

---
ダイナモ注:
元記事では画像の比較が分かりにくかったので正確に2つの画像が比較できるように、図2gの明度とコントラストと大きさおよび角度を図1bとできるだけ同じになるように補正しています。元画像については元記事を参照して下さい。

図2gの胎盤部分は図1bからコピーして画像編集ソフトを使用して合成した可能性が高い。2番目の画像では明らかに別の画像をコピペした形跡がはっきりと見て取れる。小保方ユニットリーダーはこれらの模造画像疑惑について真摯に回答する義務があるでしょう。  

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コメント
 
01. ダイナモ 2014年2月18日 20:05:17 : mY9T/8MdR98ug : Kr2S1L17Og
疑惑はこれだけにとどまらない。小保方博士が2011年に発表した論文でも、合計5つの画像について、別の実験結果に同じ画像を使い回したり、上下反転して別の画像に見せているものがある。間違って画像が上下反転することなどあり得ない。疑惑はますます深まるばかりだ。ここは一刻も早く小保方博士が公の場で疑惑に答える必要がある。

多数の実験画像における類似性や不適切なデータ処理
http://stapcells.blogspot.jp/


02. 2014年2月18日 21:36:10 : nJF6kGWndY
さて、追試成功は続くかな


Rat Spleens from 6 month rats, LSM separated lymphocytes, treated exactly as published, cultured in DMEM/F12,2%B27,Lif. Oct4 detected after 7 days by western Blothttp://www.ipscell.com/stap-new-data/
STAP NEW DATA
This is a crowdsource page for people who want to post their findings on their attempts to validate the STAP stem cell ( STAP細胞) method. I’m going to color successful or even moderately encouraging reports green and failures/discouraging results in red. *For those with longer attention spans, see some additional important considerations for this crowdsourcing effort at the bottom of this pagePlease if possible email me (knoepfler@ucdavis.edu) actual data (e.g. photomicrographs, etc) and I’ll include it. I’m encouraging people to include their full names, but not requiring itUpdate on 2/17/14Nine reports so far…

Dr. Pierre Debs wrote on 2/17/14 about a mixed bag of results:

STAP Experiments we have tried:

1. Rat Spleens from 6 month rats, LSM separated lymphocytes, treated exactly as published, cultured in DMEM/F12,2%B27,Lif. Oct4 detected after 7 days by western Blot2. Repeat of the above is underway3. Spleen from 35week Oct4-IRESGFP mouse ( GFP knocked in to endogenous Pou locus, on day 4 as it standsIF you don´t sort the Oct4-GFP spleenocytes, you will get GFP positive cells, but very few at the beginning of the culture. If after 7 days I see a significant increase in GFP, I will sort them, and take pictureSide by side with VSELS I have in the incubator, you can´t tell the different visuallyI will post pictures when I have a complete data setWe also tried MEFs and my own lymphocytes, but these experiments we used regulare iPS/Lif media while waiting for B27―–these experiments produced no oct4Update from Yoshiyuki on 2/13/14. Suspension culture (100,000 cells/ml) pH5.7, incubation time 25 min. See images for various conditions below. Note from Paul–Yoshiyuki now reports this green signal is determined to be autofluorescence. BummerSTAP 1st Try V2

Andres wrote on 2/13/14 regarding a STAP experiment in progress at 8 days out using human fetal fibroblasts. See images below. Spheres generated (left), but seem fibroblastic in nature as do cells migrating out of the spheres once plated down either on geltrex (middle) or on feeders (right)PH STAP test

Yoshiyuki Seki on 2/13/14 wrote:

We used mouse embryonic fibroblast derived from Nanog-EGFP TgNow we are performing resuspended culture in B27 + LIF or serum + LIF for 4 days. In B27 + LIF medium, we can’t detect GFP-positive, while we can detect weak-GFP positive cells in serum + LIF. However, we observe many dead cells in GFP-positive clump. Therefore it might be difficult to expand clump of GFP positive cells in adherence cultureNanog GFP STAP

Hong wrote on 2/12/14

I have try the pH=5.62 DMEM Media to treat Mouse ES cell (2nd passage) for 25min, centrifuge 1000rpm/5min, raise them in B27 and Lif Media for 6 days to detect the endogenous mOct4(RT-PCR) but nothing no matter with/without treatmentSasha wrote on 2/12/14

We have tried to generate STAP cells from mouse embryonic fibroblasts, mouse adult neural stem cells and mouse embryonic neural stem cells. We did not observe Oct4-GFP reactivation from either cell type after the exposure to pH5.7, pH 4.7 and pH3.2 at different cell densities (including 100,000 cells/ml described in the paper). We have also tried gelatin- and laminin-coated tissue culture plates as well as low-attachment dishes without a substrate. All with no Oct4-GFP reactivation after 7 days of culture (assessed by flow cytometry). B27 and LIF were used.STAP stem cell attempt flow
Subhash Kulkarni wrote on 2/12/14

Try (1) Neonatal whole blood = failure
Try (2) Adult whole blood from three animals = failure
Try (3) Adult spleen cells from three animals = in progress. at day 2 most cells dead, some cells aggregate.biggest problem i keep running into is to keep the pH the same over 30 minutes. The more cells die in the low pH conditions, the more rapidly does the pH change. B27 and LIF were used. Subhash Kulkarni PhD
Elliott Schwartz wrote on 2/11/14:

A post-doc in my lab tried the acid treatment with human fibroblasts plated in mTeSR. 2 abnormal-looking groups of cells were picked, but nothing seemed to happen to them afterwards. I’d say try #1 was a failure
Ruben Rodriguez wrote on 2/11/14:

The pictures shown in the NewScientist article resemble mouse es cells… and human es cells in its primed form don’t look anything like that; maybe they use naive conditions, but somehow I doubt itAlso, I’m one week in with my own pilot test with human neonatal fibroblast, and the combination of acidic shock and serum free media makes the cells to form aggregate, but a live staining indicates that they are not Tra-1-60 positive… and other than that; the culture looks pretty boring, no MET or anything interesting going on. It’s still possible that they need more time, but based what on what I’ve seen so far I’ll put a big red flag on this one. Picture at left is control pH 7.0 and picture at right is pH 5.6. Ruben Alvarez Rodriguez, PhD, The Salk.stap try pH 5.6STAP try pH 7.0
Ethan said on 2/10/14:

It has been more than a week now, have yourself or someone you know of been able to reproduce the mouse STAP cells. We tried, didn’t work for the first time

* Note (from Paul) that the results posted here are not necessarily endorsed by me or reflective of my own views. I would suggest that blog readers not take any one result too seriously and rather look for patterns. Also, I wonder…could there be a bit of a bias in this crowdsourcing toward negative results because those who get positive results, assuming there are positive results in the mix, may be more inclined to try to publish it in a journal versus in this domain? I don’t know.


03. ダイナモ 2014年2月18日 22:57:03 : mY9T/8MdR98ug : Kr2S1L17Og
この論文の他の2つの画像についても奇妙に不自然な点が指摘されている。いずれも画像の輪郭が不自然に強調されていることから他から画像をコピペしたものである可能性が高い。これでこの論文の疑惑の画像は4つになった。

http://www.peeep.us/68e9a743


04. 2014年2月18日 23:15:14 : NrnWIa4XYo
実現可能か否かを簡単に実験で確かめられるような技術分野や内容なのに、普通は確認もしないで特許出願なんかはしないでしょう。
仮に実証実験がやや不十分な段階で出願しても、出願後に再確認のために何度も実験して不確かなら出願取り下げするのではないでしょうか。
しかも理研でしょ?
普通は墓穴を掘るような事はしないと思います。個人的には。

05. ダイナモ 2014年2月18日 23:37:56 : mY9T/8MdR98ug : Kr2S1L17Og
小保方博士が発表会見の時に「この発見が50年後、100年後に人びとの役に立つようにしたい」という意味のことを話していたことが、奇妙に感じて強く印象に残っている。いくらなんでも「発見」した本人が、実用化は100年後とは、普通は言わないだろう。

本人はこの「発見」が当分(100年近くあるいは自分が生きている間)は役に立たないものであることを知っていたのかもしれない。この発見がでっち上げであればうなずける言い方ではある。


06. ダイナモ 2014年2月18日 23:42:11 : mY9T/8MdR98ug : Kr2S1L17Og
>>04

いやいや、共同実験者である若山山梨大教授でさえも実験の再現に失敗しているんですから。小保方博士の「ゴッドハンド」でなければ無理そうです。


07. 2014年2月19日 00:57:12 : NrnWIa4XYo
04です。
米ハーバード大のチャールズ・バカンティ教授のチームが公表したところでは、日本の理化学研究所発生・再生科学総合研究センター(神戸市)の小保方晴子・研究ユニットリーダーらと開発したSTAP細胞作製法を使い人の皮膚細胞からつくったが、これが人として初めてのSTAP細胞であることが確認されれば(つまり人についてはまだ確認されていない)、臨床応用への期待が大きく膨らむ、との事です。
マウスの実験で再確認もせずに予算を使って人細胞への応用実験など普通はしない、と考えるのが普通。ハーバード大の名誉もかかってるし。
画像の件は発表資料作成時の絵の貼りつけミスのような程度と思います。

08. ダイナモ 2014年2月21日 00:12:24 : mY9T/8MdR98ug : Kr2S1L17Og
図iの電気泳動の画像でコピペの跡があるのは、比較用に別の画像を貼り付けたものであり、この画像に関しては問題ないことが分かりました。

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