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笹井芳樹副センター長の会見に思う
http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/380.html
投稿者 ニューロドクター乱夢 日時 2014 年 4 月 18 日 01:11:31: wyCbfwX.95FPw
 

笹井芳樹副センター長の会見に思う
http://marugametorao.wordpress.com/2014/04/18/%e7%ac%b9%e4%ba%95%e8%8a%b3%e6%a8%b9%e5%89%af%e3%82%bb%e3%83%b3%e3%82%bf%e3%83%bc%e9%95%b7%e3%81%ae%e4%bc%9a%e8%a6%8b%e3%81%ab%e6%80%9d%e3%81%86/

ES細胞研究の世界のトップランナーである笹井芳樹氏の発言は理路整然としていて満足のいく内容であったが、STAP現象は有望な仮説であると述べていた。小保方さんの間違った画像2点を除けば、STAP現象を説明できる反証仮説は現時点ではなく、逆にSTAP現象が真正でなければ説明できない客観的な実験データ3点を提示した。論文を撤回することには同意していたが、小保方さんの撤回反対に対して苦悩をにじませていた。
小保方さんの細胞ハンドリングのテクニックがSTAP細胞を取り出すのに重要な点であることが強調されていた。Primary cultureはかなりの熟練を要する。Vacantiが3月20日に公開したprotocolには、詳細な方法が書かれていた。
香港のLee教授は2回目の実験結果をResearchGateに記載している。機械的破砕法だけで、Oct-4陽性細胞が対照に比べて、qPCRにて2.5倍の増加が誘発された。これは、笹井氏が資料で提示した第2段階までは再現されたことを意味すると思われる。その後のキメラ実験まではやっていないが。
マスコミ報道では新しい実験データが出ていないと書いているが、この2か月ぐらいでデータが出るわけがない。キメラマウスを作成しなければならないし、データが出るまで半年はかかるであろう。しかし、最初のステップが適正でない場合にはうまくいかない可能性がある。本来なら、小保方さんの協力が必要だ。ビデオ監視下、および、第3者専門家の下で小保方さんと丹羽さんに同時にやらせればいい。明日、理研にメールをしておこうと思う。小保方さんのプロとしてのテクニックを利用する必要がある。

http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf
STAP細胞論文に関する笹井芳樹副センター長の会見時の資料

PS:  Knoepfler Lab Stem Cell Blogから引用;
(最初の段階で細胞蛍光が見られるのは死滅細胞によるautofluorescenceではないかという疑問が挙げられていたが、当然のことながら、PI ( propidium iodide)を利用し検査が行われていたことを笹井氏が説明していた。下記のKnoepfler教授の「今までのSTAP細胞大失態からのトップ10の教訓」はためになることが書かれている。

1.Top 10 lessons from STAP cell fiasco so far
http://www.ipscell.com/2014/04/top-10-lessons-from-stap-cell-fiasco-so-far/
Posted on April 16, 2014

STAP stem cells The ultimate fate of the two Nature STAP cell papers remains in troubled limbo.

One of the senior authors, Dr. Sasai, held a news conference yesterday in Japan that included a call for the papers to be retracted.

He was variously quoted as believing in STAP or alternatively as just thinking it was an unproven hypothesis.

Whether STAP cells or STAP stem cells are real or not, overall STAP has been a disastrous situation. Can biomedical science learn anything from this STAP fiasco? Maybe some thoughts below.

■ Organize, keep records, and annotate your images. It seems that the STAP papers were plagued by confusion over images and the way image data was handled or changed. More broadly in science, sometimes research projects generate tons of data even if they are not “big data” genomics projects. In fact, it is not unusual for just one line of cell or developmental biology research to generate hundreds of image files. Each one might have a different exposure time or other varying attributes and researchers might legitimately adjust some images that are too faint, etc. It is wise to use a system where lab members catalog images and a naming paradigm that includes the date. Any changes to images must also be documented in writing and original unmodified forms kept as trackable backup files.

■ Don't always believe your eyes. It seems that some of the STAP authors believe in STAP, but I wonder if “STAP” to them means simply cells glowing green? The reality is that for cells to be STAP they must have functions and pass a whole host of tests, not simply glow green (even if that green is real and not autofluorescence–see next point below) from a Oct4-GFP reporter. Just because you “see the green light” doesn’t mean it is STAP. Human beings including scientists are very visual creatures. Who doesn’t find certain microscopy images captivating? Seriously, a microscopy image can be like a piece of fine art. But sometimes data in the form of a visual image can be deceiving. The more general expression “I see the light!” is about discovery, but usually more about a discovery of beliefs rather than facts.

■ Danger, autofluorescence ahead. And speaking of “seeing the green light”, it was only days into the STAP craziness when a stem cell biologist told me in confidence that s/he believed STAP could be largely a mistake due to misinterpretation of autofluorescence as real signal. I still haven’t seen compelling evidence against the notion that the greenness of STAP is just autofluorescence in certain images and FACS data. Perhaps this STAP mess will make the entire biomedical research community more cognizant of the dangers of misreading cellular autofluorescence and the need to check for it.

■ Cells are not always what you think they are. It seems quite possible that some of the cells involved in the STAP cell research were not what some of the researchers thought they were. Cell line contamination is a common problem at least in part because different kinds of cells are stored and sometimes simultaneously grown in labs. Cells also grow at different rates so contamination of one cell type with even a few different cells can burgeon into a big problem over a surprisingly short period of time.

■ To be a good reviewer, data should always trump big names in importance. One of the problems exemplified by the STAP papers is that big name authors can sometimes sway reviewers inappropriately to be lenient on papers. In the end, as a good reviewer, you have to keep focused on the data, not the reputation of the authors.

■ Weigh the risks, benefits and responsibilities of being an author yourself. If you are possibly going to be an author on any given collaborative paper, use caution. Read the paper carefully, ask to see data if you have concerns, think about what it means for you to be an author of this paper, and if in doubt, at least consider saying ‘no’. In this time when most everyone wants more publications, sometimes paradoxically it is best not to be an author. Of course, sometimes potential co-authors or even corresponding authors don’t know about problems in papers and such problems can be hard to find so the decision as to whether to be an author can be tricky. Finally, take the specifics of those “author contributions” sections seriously as to what you did or did not do for any given paper. I wonder at this time how many of the STAP authors, if they could go back in time, would choose not to be author on those papers?

■ To editors, be extra-cautious about those “sexy” papers. A paper like either of the STAP ones is certainly exciting on first read and could have big impact. You might call them “editor-bait”. Heck, despite the controversy the STAP papers have already been cited many times in just a couple months by other papers. However, these kinds of high-profile papers are high risk for journals and editors too. As with the reviewer caution above, editors should not be swayed by big name authors if the story seems too good to be true and if anything, the more excited an editor is about a paper the more cautious they should be in how they handle it. Paradoxical? Perhaps, but I think it’s true.

■ To journals, give all manuscripts a thorough automated checkup. EMBO now reportedly has an automated screening process for manuscripts for image issues (manipulation, duplication, etc) and EMBO editors have indicated that the STAP papers would not have passed. Did Nature not have such screening in play when the STAP papers were reviewed? Does it now hopefully have such a system? Which journals automatically test for plagiarism of text or images? Clearly this kind of automated manuscript checkup should be standard procedure for all journals.

■ To scientists, don’t fall in love with your hypothesis. STAP almost feels like a fairy tale love story gone bad. I’m not talking about the love of two folks for each other like Cinderella and the Prince in a Disney movie, but rather the way scientists can sometimes fall in love with an idea. Avoiding this trap is naturally easier said than done because ideas can be super exciting.

■ Check the hype. There is nothing wrong with being excited about a paper or its potential impact, but be cautious about crossing the line to outright hype. Not everything is a “breakthrough” and that’s OK. Good, strong science doesn’t have to be a stunning breakthrough to have a positive impact. Scientists, journals, and institutions need to walk a fine line between advocating for our work publicly (which is needed) and overstating its importance, especially to the public or reporters. Many media folks are prone to hyping science as well. I believe that STAP was hugely hyped by many of the parties involved.

Any other things possibly to be learned in a positive way from all the STAP calamity?

2.
Kenneth Ka-Ho Lee The Chinese University of Hong Kong
https://www.researchgate.net/publication/259984904_Stimulus-triggered_fate_conversion_of_somatic_cells_into_pluripotency/reviews/103

Thank you all for your kind comments. I said I was not going to live blog anymore but I also hate to leave the STAP story incomplete.

Previously (1st of April), we have demonstrated that pipetting Oct4-GFP lung fibroblasts through different size glass pipettes for 3 days can elicit Oct-4 and Nanog expression by approximately 10 folds and Sox2 by 2 folds. The expression level was not high enough to label them as pluripotent stem cells.

We have now completed a second set of experiments. We did not do any acid-bathing this time - only mechanical pipetting. We pipetted the cells for 30 mins and then grew them on non-adhesive culture plates. On successive days, the cells were pipetted twice (5 mins) a day. The same culture condition as in the first set of experiment. We established by qPCR that this hash treatment induced Oct-4 expression by 2.5 folds. It did not induce Sox2 and Nanog expression (Table 1).

Since there were still cells alive at the end of 3 days, we decided not to do only more pipetting and just let these cells grow on the non-adhesive culture plates for a further 3 days. At the end of 6 days of culture, the cells were harvested for qPCR. We found that Oct-4 expression was maintained by approximately 2.5 folds. Like in day 3, Sox2 and Nanog expressions were not induced (Table 2).

Hypothesis: Perhaps treating these cells with Valproic acid to open up the histones might facilitate a better outcome in terms of expression of the stemness markers?

There is a Chinese saying that: when we are about to die, we can release a final burst of energy that allow us to finish off some of the things that we want to do before we leave this world “迴光返照”. Could it be that the fibroblasts that we mechanical pipetted to the point of death “reawakens” and start randomly express some of the stem cell markers? These cells are definitely not STAP cells. Perhaps I should call them “April fool” cells or even “reawakening” cells (Joke!).

Even better, I could call them “Easter” cells since Jesus was reawakened from death and the Easter holidays are fast approaching us (Joke!)?

I am going to take a page from Paul Knoepfler's Blog and ask you to vote.

What should I call the cells that I created here?

1. STAP cells
2. April Fool Cells
3. Reawakening cells
4. Easter cells

2days ago

http://iryou.chunichi.co.jp/article/detail/20140417073427699

3.識者のコメント:

中日新聞
柳田充弘沖縄科学技術大学院大教授(細胞生物学)の話  笹井芳樹氏は研究に当たり、ごくごく常識的な対応をしていたことがうかがえた。小保方晴子氏の実験ノートを見なかったことも、一般的には整理したデータを見れば十分で何の問題もない。笹井氏の説明で、STAP細胞の存在を否定しなければならない理由はないと思った。最新の作製法を提示すれば外部の研究者も再現できるのかもしれないが、特許の関係で出せないのかもしれない。理化学研究所の調査委員会は小保方氏の不正を断定したが、反論とかみ合っていない部分もある。調査期間も短く、理研は再調査するべきだ。

讀賣新聞
東京都市大の北沢宏一学長は「STAP現象を前提にしないと説明できない例を笹井氏が3点挙げたことで。新事実が分かる可能性を感じた」と評価した。
京都大の八代嘉美特定准教授も「論文の内容を詳しく説明するだけにとどまったという感もあるが、説明に一定の合理性はある」と話した。
 一方、理研の研究者の一人は「論文の内容を超えるような新たなデータを示されず、会見は消化不良という印象だ。笹井氏がSTAP細胞の存在を支持する理由は、よく理解できない」と疑問を呈した。

ニューロドクター乱夢のコメント:最後の理研の研究者は匿名でコメントしていた。数か月で新しいデータが出るはずがない。そんなことはわかりきっているはずなのに、馬鹿なコメントをしていることに憤りを感じた。また、後半のコメントも信じられないような内容だ。現時点でSTAP現象(STAP細胞)の有力な反証仮説が見出されていない段階で笹井氏は、控えめにSTAP現象は有力な仮説であると述べていたが、僕自身、STAP現象の存在は確かであることに確信を持った。理研内部にアンチ笹井グループがいるのであろう。

 

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コメント
 
01. 2014年4月18日 01:31:00 : UtAUWw9CYg
>数か月で新しいデータが出るはずがない。

だれも再現実験をしろとは言ってないでしょう。
今問題になってる件、例えば、マウス系統(あるいは細胞の遺伝型)に関して証拠があるなら出せるだろうと言ってるのでしょう。実際、キメラマウスや論文で使用された細胞が理研にあるということですから、これを解析すればいいだけです。一二週間あればできます。


02. 2014年4月18日 02:10:31 : xIWQSUUKUe
未だにSTAP細胞の存在を信じる貴方が、Knoepfler教授の「今までのSTAP細胞大失態からのトップ10の教訓」はためになると書かれているが、本当に内容読みましました? 徹頭徹尾、今回の件から学ぶべき批判的教訓ではありませんか。理研も貴方のメールなど真に受けないのでは?それとも笹井さんからの二度目の返信にご期待?

03. 2014年4月18日 11:25:19 : efYYgyF3F6
捏造データをもとに仮説を論じても意味がないですね。
↓捏造データである証拠
https://twitter.com/Yashiro_Y/status/456345083265052672


STAP細胞を前提にしなくても説明できるようです。
http://nosumi.exblog.jp/20586616/


04. 2014年4月18日 11:47:30 : efYYgyF3F6
キメラマウスの二重のトリック
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397265383/15

05. 2014年4月18日 13:19:39 : viW8XtGPGA
理研の検証実験を待てずに叩き続けるひとってなんなのだろう?

06. 2014年4月18日 13:45:33 : HpbGavuz6M
科学は、外部からの批判と検証が必須だからです。
それがないのは宗教にしか過ぎません。
外部からの批判と検証に耐え抜いて、初めて科学的事実と認められるのです。

小保方論文は捏造だらけ。
笹井仮説でも穴だらけ。
だから叩かれるのは仕方ありません。

理研がいくら検証しても、あくまでそれは内部のもの。
科学的事実にはなりません。ゆえに、それを待つことにあまり意味はありません。


07. スットン教 2014年4月18日 14:45:59 : CmuKS.2SNuq/E : 7bUsMLlvNQ
山中教授のEPS細胞でも、再現実験で成功するのは100%ではないという話を小耳に挟みましたけどね。生体の扱いというのは機械的に操作するのがなかなか難しいのかも。何しろ我々は「生命」とは何であるのかを知らないんですから。

08. スットン教 2014年4月18日 14:58:00 : CmuKS.2SNuq/E : 7bUsMLlvNQ
新自由主義が猛威をふるい始めてから、脳死移植も強引に整備して、生命操作についても深く考えもせずにどんどんやるようになって、あんまり気乗りのしない話題ですね。
山中教授辺りは、生命倫理的問題にはそれなりに気を払っておいでのようですが。

まだ2ちゃんねるにいた時分に小保方さんの割烹着で盛り上がってるのを距離を置いて見てたんですが、手のひら返しでリンチみたいな状態になって、どこまで世の中腐ってるのかと。


09. スットン教 2014年4月18日 15:10:24 : CmuKS.2SNuq/E : 7bUsMLlvNQ
「美人すぎる研究者」とか「天使」とか「リケジョ」がどうとか、いつものあそこのノリでやってたんですが、あの掲示板にいるほど物好きではないならこの展開が見えにくいのかな? あそこは電通の宣伝工作掲示板ですからね。

10. 2014年4月18日 15:13:30 : xVTlAIfhUY
STAP細胞は再現性0%ですから。
0と1の差は、1と100よりも大きい。

さらに、証拠も捏造だらけなので、それ以前の問題なのです。

不正は、真面目にやっている研究者を愚弄することですし、
世界中の研究者を欺いて徒労を強いることになりますから、
リンチに合うのは仕方ありません。


11. スットン教 2014年4月18日 15:31:15 : CmuKS.2SNuq/E : 7bUsMLlvNQ
STAPは最初は山中教授のES細胞(でしたか)にぶつけられてましたね。ES細胞の時はいかがわしい詐欺師が利権の横取りをしようとしてました。

>>10
あなたもおそらく同類でしょう?


12. ダイナモ 2014年4月18日 15:53:11 : mY9T/8MdR98ug : FVS1DQGyHg
笹井氏が、改ざん、ねつ造を判定された「論文」を根拠にして「STAP細胞を前提としないと説明がつかない現象がある」と主張している点ですでに科学者がいうべき主張ではない。

その「論文」に掲載されている実験結果の裏付けとなる実験ノートがスカスカなので、「現象」自体の信用性が全くなくなっているのだから、笹井氏の主張は成り立たない。


13. 2014年4月18日 16:41:08 : FTyI661X2h
>>11
STAP細胞は捏造ですし再現性ゼロなので横取りする価値もありません。
犬も食わない、というやつです。

こうならないように気をつけましょう。恥の上塗りですから。

http://ja.wikipedia.org/wiki/黄禹錫
冷静さに欠ける世論と理性を欠いた韓国メディアのありかた、さらには世間の誤解を追い風にノーベル賞受賞振興教育制度をもくろんだ政府の姿勢を国内外に示して事件は終息したかにみえるが、その後も捏造事件そのものを「敵対組織の陰謀」として信じようとはせず、熱狂的なまでに黄禹錫を擁護する韓国人も多く、研究継続を訴え抗議の焼身自殺をする者まで現れた。黄禹錫が「貧乏な家に生まれ、親孝行をしつつ苦学して大成する」という朝鮮民族の理想的な英雄像にぴったりと当てはまるためでもある。その様子をもって『まるで黄禹錫教のよう』とする声もある。


14. ニューロドクター乱夢 2014年4月18日 19:51:01 : wyCbfwX.95FPw : 3tajeW4pfI
>1
http://www.youtube.com/watch?v=FtBPrcjse8k

コメントありがとうございました。
笹井さんのコメントでは、ご指摘の検査では確定的なことは言えないと言っています。何か、専門的に短期間に証明する手段があれば、ご教示ください。また、その根拠を文献で提示してください。もし、いい方法があるなら、理研にメールしてください


15. 2014年4月18日 20:34:21 : efYYgyF3F6
>>14

3分18秒からのTCR再構成に関しては逃げましたね。
司会の不自然な仕切りがまた怪しい(笑)

http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
・存在する事を証明するのは極めて簡単である。一体でもUFOやネッシーを捕まえてくればいいだけなのだ。たくさんは必要ない。今回の場合はSTAP幹細胞、テラトーマ、キメラにひとつでもいいからTCRかBCRの目印(再構成)があれば存在証明される。

・しかしなぜ『キメラマウスでTCR再構成を確認したい』と思われなかったのだろうか?STAP現象があるかないかは確実に証明できる。T細胞からつくったSTAP細胞で作製したキメラマウスのDNAを調べてTCR再構成がひとつでもあれば『STAP現象は必ずある』と言える。


必ずあると言える作業があるのに、やらない。「ない」からでしょう。

・悪魔の証明といわれるように一見存在を否定することは難しいかに思われるが、実は可能である。存在すると仮定すると矛盾する明確な事実があればよい。例えばSTAP現象が存在すると仮定すると純化したT細胞由来からSTAP細胞をつくればキメラやテラトーマにその痕跡が残るはず。それがある確率をもって検出されないのであればSTAP現象は否定される。


16. 2014年4月19日 01:08:36 : UtAUWw9CYg
>>14
今、専門家の中で問題になってるのは細胞のすり替えです。
これを調べるには今理研にある材料を調べるのが最適であることは間違いありません。
そして、理研の生物材料の管理責任者は実質的に笹井氏でしょ?
以前、若山研が所有していたとしても生物材料は基本的に機関が所有するものだから、
若山研から引き継いで彼が実質的な責任者になってるはずです。
「若山研の話だから」では通用しません。
それに、細胞が適切に使われたかとういうのは多くの人に指摘されている問題点です。
それを他人事のように、よく分からないと言うのは理解に苦しみます。
ちゃんと情報を出さないから、例の「129かF1」の話も「細胞のすり替えが行われた証拠」
と受け止められているわけです。
どの実験ではどんなマウスを使ったのか、ちゃんと整合性のあるデータを示せばかなり誤解は解けます。
ESの可能性を排除できないという話は二の次です。
また、このようなデータの提示は意味があるのかは世間が判断することで、
実験がちゃんと行われているのなら、出さない理由がありません。
出さないから疑惑がずっと付きまとうのでしょう。
この点、>>15氏が言われているTCRの研は非常に不可解です。
改めて理研が出した「詳細な方法」ではTCR再構成がなかったことになってるわけですが、
これは論文のデータを否定して開き直ったものなのか、論文以後の再実験のことを言ってるのかまったく分からない。
論文(例の電気泳動の図!)を否定する気がないなら、TCR再構成のデータを改めて出すべきでしょう。
科学者社会でも大きな疑問点になってるのに、出さないというのは理解に苦しみます。
特に、笹井氏は、科学者社会で何が問題なっているかを非常に良く知ることができる人ですから尚更です。
STAPの完全な証明以前に、大隅氏やKAHO氏の疑問に答えるデータを出すできるはずで、
そのうようなことこそ重要だと思います。本当にSTAPがあるのなら、ですが。

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