http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/775.html
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（理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問）
http://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/16300289.html#16308450
★「死細胞の自家蛍光」についても多くの疑問、不明点が残った。
★ここでの論点は、末尾に「桂調査委が、それだけの税金を使った研究や検証等実験で提示されている科学的諸材料について、部分的にしか検証せず、全体的な整合性ある調査結果を出していないことのほうがよほど問題だと感じます」とあるように、調査委員会の検証も万全ではなく、サイエンスライターの必死の追求も、同様に多くの疑問点、不明点を残したままだったということだ。
★STAP細胞問題はまだ何も終わっていない。
（南青山）
STAP細胞の緑色発光について、否定派は、死んだ細胞の自家蛍光だとしていました。
須田記者の著書では、ＣＤＢ出身のある若手研究者への取材ぶりを紹介しています。
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「スマートフォンの小さな画面の中で、緑色に光る細胞が素早く動き回っている。一月の記者会見で披露されたその動画は、マウスのリンパ球に弱酸による刺激を与えた後、一週間培養している間の細胞の変化を顕微鏡下で録画し、高速で再生したものだ。つまり、ＳＴＡＰ細胞誕生の瞬間、のはずだった。
私は東京都内のホテルのラウンジで、ＣＤＢ出身のある若手研究者に取材していた。近く開かれるはずの丹羽氏や小保方氏らの記者会見の前に、なるべく多くの研究者にＳＴＡＰ問題への見解を聞いておきたかった。
「日本のサイエンスのダメージは半端ないですよ。僕はもうＳＴＡＰ現象を信じていません。再現実験なんて、賽の河原の石積みみたいなものです」
目の前の研究者は、今回の騒動に憤りをあらわにしていた。私が、ネット上で免疫系の研究者らに指摘されている、「ＳＴＡＰ細胞動画Ⅱマクロファージによる死細胞の貪食画像」説について聞くと、早速スマートフォンで動画を見せながら解説してくれた。
マクロファージはアメーバ状の免疫細胞で、活発に動き回りながら、病原体や異物、死んだ細胞を飲み込み、食べていく。「この細胞をずっと見ていてください。ほら、緑に光り始めると一瞬、完全に静止するでしょう？これは細胞が死んだからだと言われています。それからまた動き出すけど、それはマクロファージに飲み込まれ、引きずられているだけなんです」。
目を凝らすと、研究者が言うように、マクロファージらしき透明な物体の輪郭も見えた。不思議なもので、一度そう聞いてしまうと、動画はもう、マクロファージが死んだ細胞を次々食べていく様子にしか見えない。」（P152）
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しかし、笹井氏が提示する材料は、死細胞の自家発光の可能性を否定していました。
笹井氏の4月16日の記者会見で配布された資料では、次のように記載されています。
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「GFPは死細胞の自家蛍光とは別（FACSでも確認）」
http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf （ｐ２）
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FACSとは何でしょうか？ ネットでみると、次のようにあります。
http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/sct/facs/basic.html
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「FACS(fluorescenceactivated cell sorting)は、蛍光抗体で染色した細胞を液流に乗せて流し、レーザー光の焦点を通過させ、個々の細胞が発する蛍光を測定することによって細胞表面にある抗原量を定量的に測定することのできる機器です。
細胞内外の蛍光強度だけでなく、細胞の大きさ（前方散乱光forward scatter、FSC）、内部構造（側方散乱光side scatter、SSC）、といった生物学的特性も測定できます。」
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専門的でよくわかりませんが、笹井氏の質疑応答での述べた「特殊な色素の取り込みの有無」と同じことなのでしょうか？？
会見時での質疑応答での説明ぶりは、須田記者の著書では次のようになっています。
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「笹井氏があげた三つのデータの信過性を問う質問も出た。例えば①のライブイメージングについて、「死んだ細胞を見ているのでは」という指摘には、「細胞が死んだ場合、ある特殊な色素が取り込まれるが、その色素が取り込まれない細胞が蛍光を発するのがみられた」と反論。」
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この4月16日の会見後、須田記者は笹井氏に取材をして、次のような回答を得ているそうです。
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「質問の一つは、細胞が発する「緑の蛍光」についてだった。ＳＴＡＰ細胞作製実験では、万能性に関連するＯｃｔ４という遺伝子が働くと緑色の蛍光を発するよう遺伝子操作したマウスの細胞を使っている。しかし、死ぬ細胞が蛍光を発する「自家蛍光」という現象ではないか、と指摘がある。色は光の波長で決まり、自家蛍光の場合は緑色だけでなく広範囲の波長の光を含むので、細胞が発する蛍光がどんな波長を持つかがこの問題の鍵となる。
記者会見で、笹井氏は「死細胞の自家蛍光とは別」、小保方氏も「自家蛍光でないことを確
認している」とそれぞれ説明したが、明確なデータを示していなかった。「Ｏｃｔ４の蛍光の波長領域の光だけをみる方法だけでなく、全体の波長特性があれば、自家蛍光かそうでないかは一目瞭然だと聞く。自家蛍光の疑義を晴らすには、そのような生データを公開されるのが最も早いのではないか。生データの有無と、公開の見通しについても教えてほしい」と質問すると、笹井氏はこう回答した。
――ご指摘のように、死細胞の自家蛍光は波長帯域が広く、緑だけでなく赤色蛍光も見える。従って、緑色（の蛍光を見る）フィルターが主で、赤色フィルターではほとんど蛍光が見えないというチェックの仕方も平常的に行う。（光を波長ごとに分ける）スペクトル解析は一つの方法だが、自家蛍光はある程度自然にも存在するので、一番良いのは、遺伝子解析など別の解析法で確認することだと思う。今回、新しく行う検証ではこうした追加解析も考慮にいれるのではないか――。」（P196）
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前掲の、あれは死細胞だと憤っていたＣＤＢ出身のある若手研究者は、フィルターでの識別結果について須田記者から問われたのでしょうか、自家蛍光以外の可能性として、次のように述べています。
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「では、細胞が緑色に光って見えるのはなぜか。論文では、ＳＴＡＰ細胞の作製実験には、万能細胞に特有の遺伝子（Ｏｃｔ４）が活発に働くと緑の蛍光を発するように遺伝子操作したマウスの細胞を使っていた。弱酸の刺激によって「初期化」され、ＯＣｔ４が働き出すから緑色に光り出す。それが小保方氏らの説明だった。疑義が浮上した当初から、死んだ細胞が自ら蛍光を発する「自家蛍光」という現象ではないかという指摘があった。しかし、自家蛍光なら緑色以外の色の蛍光も発するので、フィルターを掛ければ簡単に見分けられる。研究者は、自家蛍光以外の可能性として、細胞が死にゆく際に、遺伝子情報を担うゲノムの制御機能が壊れ、本来は抑制されているべき万能性関連遺伝子も働き出す可能性を指摘した。
「もしかしたら、光るだけではなく、たんぱく質レベルの解析でもＯＣｔ４が検出できるかもしれません。でも、その細胞が万能性を持つかは全く別問題です」
つまり、テラトーマやキメラマウスができて初めて、万能細胞と言えるというわけだ。Ｏｃｔ４が働く緑色の細胞塊ができたとしても、その段階では「ＳＴＡＰ細胞の部分的な再現」などとは呼べない。」（P152-153）
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そういう可能性もあり得るのでしょうか？ 研究事例があるのであれば、もっとマスコミ等に紹介されてしかるべきだと思います。
なお、西岡昌紀氏がWiLL3月号に寄せた「『小保方殺し』９つの疑問」では、4つ目の疑問として、FACSについて触れています。
http://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/16224924.html
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「疑問４ FACSは役に立たなかったのか？
FACSという光学的識別装置を使うと、死んでいく細胞と万能細胞を見分けることができ、その信頼性を（STAP捏造派であっても）疑う人はいない。笹井氏は、このFACSを使って、死んでいく細胞ではないことを確認したとしている。（死んでいく細胞だとする者にとって）この指摘は間違っていたということか？ 」
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「あれは、死細胞の自家蛍光だ！」と主張するのなら、一緒に、笹井氏の挙げたその否定材料についても併せてコメントがなされないと、思い込みで言っているようにしか聞こえませんし、ミスリードだと思います。上記の「元CDBの若手研究員」のように、憤慨して声大きく述べたてる主張だけを記事にして、笹井氏らの援用材料についても、叮嚀に取材して紹介しないのであれば、「科学」ジャーナリズムではないでしょうに・・・。
●検証実験と再現実験においては、全体としては、自家蛍光と識別できる有意な結果は得られませんでした。ただそれでも、再現実験では、「赤色蛍光が低く緑色蛍光の高い細胞塊も存在し、定量 PCR により GFP 発現の確認される STAP 様細胞塊も存在した。」とあります。
http://www3.riken.jp/stap/j/r2document1.pdf
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＜再現実験＞
「緑色蛍光で判定する GFP 発現は、実際は自家蛍光に依る可能性が考えられることから、自家蛍光を赤色蛍光で判定した。緑色蛍光を有する細胞塊の多くは赤色蛍光も有しており、赤色蛍光をもたないSTAP 様細胞塊は少なかった。しかし、 赤色蛍光が低く緑色蛍光の高い細胞塊も存在し、定量 PCR により GFP 発現の確認されるSTAP 様細胞塊も存在した。ただし、このような STAP 様細胞塊での多能性細胞特異的分子マーカーの遺伝子発現との相関は低かった。」（p2）
＜検証実験＞
「緑色蛍光検出系と赤色蛍光検出系を 組み合わせた蛍光顕微鏡による解析においては、GOF18 マウス由来細胞を酸処理 後培養して得られた細胞塊は、由来臓器に関わらず概ね緑色蛍光と赤色蛍光の両方を発しており、Oct3/4-GFP遺伝子の発現に由来する特異的蛍光を識別する事は困難であった。また、FACS を用いた解析においては、緑色蛍光を特異的に発現する細胞の検出は出来ず、Oct3/4-GFP 遺伝子の発現に由来する特異的蛍光を発す る細胞は存在したとしてもごく少数である事が示唆された。」（P4）
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笹井氏が述べたFACSや色素吸収、フィルターでの識別などにより、死細胞ではないことを確認したという点については、桂調査委員会では検証されていません。それは、科学的な論点となっていたわけですから、検証されてしかるべきだったと思いますし、再現実験や検証実験は不調に終わったものの、それでも微妙なところもありましたから、科学として、数多ある材料について整合ある説明がなされてほしいと思います。
須田記者も、そういう相互に矛盾するデータや説明に接して、著書で紹介しているわけですから、もっと追求してほしかったところです。
マスコミは、さかんに、STAP研究や、検証・再現実験ではいくら税金を使ったのだ？ とワンパターンの質問をしますが、桂調査委が、それだけの税金を使った研究や検証等実験で提示されている科学的諸材料について、部分的にしか検証せず、全体的な整合性ある調査結果を出していないことのほうがよほど問題だと感じます。
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