http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/897.html
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STAP論文とは何だったのか③「STAP論文について（その12～その15）」（STAP問題考）
http://azalea3230.hatenablog.com/archive/2014/6
★紹介するのは、昨年の6月（ラスト回は7月）に書かれた「STAP問題考」ブログのarticle論文およびletter論文を詳しく検討した記事の最後。
★興味深い視点がいくつも提供されていて、当時の動きなども紹介されており、いま見ても参考になるところが多い（とくに若山氏関連の動きを紹介しているところ）。
★なお（その○）で番号が飛んでいるのは原文ママ。
（南青山）
2014-06-23
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STAP論文について（その12）
http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/06/23
研究不正再発防止のための改革委員会の「研究不正再発防止のための提言書」なるものをちょっとだけ目を通して見ました。
http://www3.riken.jp/stap/j/d7document15.pdf
http://goo.gl/wA68iC
「研究不正再発防止のための提言書」
研究不正再発防止のための改革委員会 委員長 岸 輝雄
からの一節
第3 STAP 問題はなぜ起きたか STAP 問題発生の原因分析
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7 理研本体のガバナンスにおいて研究不正防止に対する認識が不足している
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（3）さらに深刻な問題は、STAP 問題が生じて以降、理研のトップ層において、研究不正行為の背景及びその原因の詳細な解明に及び腰ではないか、と疑わざるを得ない対応がみられる、ということである。
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=====引用始め
さらに若山氏が第三者機関に依頼した遺伝子解析結果から、小保方氏に STAP 幹細胞作成のために渡したマウス系統とそれを元に作成されたはずの STAP 幹細胞の遺伝子型（これによってマウス系統が判明する）が一致しないものがあることが報告された。STAP 幹細胞 FLS はマウスの系統は一致したものの、染色体上の GFP 遺伝子の挿入部位が異なり、またヘテロであることから、それら細胞も若山氏が提供したマウス由来ではないといえる。論文では、これら STAP 幹細胞は若山氏が提供したマウスから樹立されたとなっており、齟齬がある。
また、理研統合生命医科学研究センターの遠藤高帆上級研究員は第2論文で発表された遺伝子データの再解析を進めたが、それによって FI-SC 細胞と発表されたものは ES 細胞と TS 細胞が混ざったものである可能性が高く、小保方氏由来の FI幹細胞の胎盤形成能が疑われることになった（本委員会での両氏からの聴取による）（*6）。
（*6） 理化学研究所統合生命医科学研究センターの遠藤高帆上級研究員らと東京大学の2つのグループが、それぞれ独自に行った分析結果によると、小保方氏らがインターネット上に公開している STAP 細胞のものだとする遺伝子の情報を分析したところ、ほぼすべての細胞に8番目の染色体が通常の2本より1本多くなる「トリソミー」と呼ばれる異常のあることが判明した。
8番目の染色体がトリソミーを起こしたマウスは、胎児の段階で死んでしまい、通常生まれてこないため、生後1週間ほどのマウスからSTAP 細胞を作ったとする小保方氏らの主張と矛盾するとしている。また8番染色体のトリソミーは、すでに研究で広く使われている万能細胞「ES細胞」を長い間培養すると起きることがある異常としても知られている。
専門家からは、「生まれてくることがないマウスからどうやって作ったのか。STAP 細胞の存在を根底から揺るがす結果でこの細胞が本当は何だったのかという強い疑問を感じる。専門家ならSTAP細胞はES細胞の混入ではないかと疑うと思う。STAP細胞があると発表した研究チームは遺伝子解析や残っている細胞の分析などの調査を行い、きちんと説明すべきだ」と疑念の声が上がっている。
（NHK NEWSWeb を参照。www.nhk.or.jp/kaisetsu-blog/100/189993.html）
=====引用終わり
として、上記を「研究不正」の追加的な証拠として取り扱っている。
何でしょうかこれは？？
若山氏の遺伝子改変マウスの遺伝子位置とかの件は、STAP論文について（その8）、（その10）で触れています。
両氏って、小保方さんや共著者からは聴取してないわけですね？？？
遠藤高帆氏の解析結果は何処かに掲示されているのでしょうか、解析手順、アルゴリズムの評価はされたのでしょうか？？？
NHK報道を引用って言うのは？？？
遠藤氏の分析は、SNP（Single-nucleotide polymorphism:DNA sequence variation:DNA塩基配列中に一塩基が変異した多様性）と言うものの解析を元にしているようだ。RNA（NCBIに小保方さんが登録したのはRNA塩基配列）を用いてSNP解析は出来るかも知れないが、そのアルゴリズムの妥当性は個別に吟味されないとまずいのでは？
仮に遠藤氏の解析そのものは妥当であったとして、そのような結果が得られる原因は複数あるのではと思いますが、いきなり小保方さんの作為的な行為と結びつけような記述は科学的な判断と言えるでしょうか？
まして、胚盤胞へのSTAP細胞注入による胎児胎盤への寄与能の確認（理研の実証実験でも行おうとしている）と言うSTAP論文で示された事実を覆すものではないでしょう。
小保方さん抜きで実施しているため、不効率であるにしても、現在理研が実施中の実証試験結果を吟味することもなく、STAP捏造説を前提にした、「研究不正再発防止のための提言書」なるものを公表するのは、奇っ怪にしか見えません。
科学の世界とは無縁な現象に見えます。
2014-06-23
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STAP論文について（その13）
STAP現象の検証実施について、丹羽さんの説明を元に私が理解していることを説明します。
まず、STAP現象とはSTAP論文によれば、「分化細胞が刺激によってリプログラミングされ多能性を獲得する現象」です。
従って、STAP現象の検証には
（a） リプログラミングされ多能性を獲得した細胞はもともと分化細胞であったことの科学的証明
（b） STAP細胞が多能性を獲得したことの科学的証明
が必要です。
（a）に関して、論文では、
（1）Oct4‐GFP発現していない細胞（分化細胞）から、刺激（酸処理）を介して、Oct4‐GFP発現する細胞塊が形成されゆくと言う観察結果、
（2）STAP細胞（STAP幹細胞ではない）に、TCR（T cell rearrangement）が見られる電気泳動画像、
（3）CD45+細胞（多くの場合、CD45+細胞からSTAP細胞を作成している）の90%は分化細胞であり、CD45+細胞から30%の効率で reprogramming されたSTAP細胞が得られると言うデータ、
によって、分化細胞がリプログラミングされ多能性を獲得したと主張している。
（b）に関して、論文では、ライブ・セル・イメージング（顕微鏡ムービー）でのOct4‐GFP発現、in-vitro（シャーレ内）での三胚葉分化能、in-vivoでの三胚葉分化能（テラトーマ実験）を説明し、更にキメラ実験での胎児への寄与（letter 論文では 胎児胎盤への寄与）と、順を追って極めて丁寧にSTAP現象を説明している。
実証実験では
（1） 論文に記載された方法で再現性を検証（リンパ球からの多能性細胞誘導の検証）
上記（b）の多能性を獲得検証を中心に、胚盤胞へのSTAP細胞注入による胎児胎盤への寄与能の確認（キメラ実験）を主に行う。何故なら、胚盤胞へのSTAP細胞注入による胎児胎盤への寄与能の確認（キメラ実験）が多能性獲得を証明する一番厳密な方法とされているからである。
（2） より厳密な細胞追跡法を用いたSTAP現象の有無を検証
上記（a）のリプログラミングされ多能性を獲得した細胞がもともと分化細胞であったことの科学的証明をより厳密な方法で行うため、より厳密な細胞追跡法を用い、STAP現象の有無を検証する。多能性獲得の確認方法は、（1）と同様である。
の2段階で実施する。
研究不正再発防止のための改革委員会の「研究不正再発防止のための提言書」によると、検証実験でテラトーマ実験を行わないことが、「再現実験として疑義がもたれている」そうである。
STAP細胞作成プロトコル云々とかも書いてありますが、「研究不正再発防止のための改革委員会」って大丈夫でしょうか？？？
[注]STAP研究（小保方さんにとっては約5年間）の経過、経緯に於けるテラトーマ実験の位置付けについては、後ほど説明する予定です。
改革委員会は、STAP現象検証実施についての説明を聞いていないか、又は理解していないのでは、と思えてしまいます。
それに、STAP論文の性格が全く理解されていないように思えます。
STAP論文はSTAP現象を解明したものではありません。STAP現象の存在を世に示したものです。
STAP現象の解明やより効率の良いクールなSTAP細胞作成方法の研究をまさにスタートさせようとした時点で、2014年1月31日には「真実でない報道もあり、その対応に翻弄され、研究を遂行することが困難な状況」と彼女のホームページで訴えるような状況となった挙句に、次には酷いバッシングを受け続ける状態が現在も続いているのが現状です。
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http://www.cdb.riken.jp/crp/news2014.1.31_2.html
http://goo.gl/V1FddP
Jan. 31, 2014
報道関係者の皆様へのお願い
STAP細胞研究はやっとスタートラインに立てたところであり、世界に発表をしたこの瞬間から世界との競争も始まりました。今こそ更なる発展を目指し研究に集中すべき時であると感じております。
しかし、研究発表に関する記者会見以降、研究成果に関係のない報道が一人歩きしてしまい、研究活動に支障が出ている状況です。また、小保方本人やその親族のプライバシーに関わる取材が過熱し、お世話になってきた知人・友人をはじめ、近隣にお住いの方々にまでご迷惑が及び大変心苦しい毎日を送っております。真実でない報道もあり、その対応に翻弄され、研究を遂行することが困難な状況になってしまいました。報道関係の方々におかれましては、どうか今がSTAP細胞研究の今後の発展にとって非常に大事な時期であることをご理解いただけますよう、心よりお願い申し上げます。
STAP細胞研究の発展に向けた研究活動を長い目で見守っていただけますようよろしくお願いいたします。
細胞リプログラミング研究ユニット
小保方 晴子
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大小メディアに誘導された世間はずっとSTAP研究の足を引っ張っていますね。
2014-06-26
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STAP論文について（その14）
http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/06/26
小保方さんが参加しないと、検証実験が不効率となっているであろうと考える理由
熟練を要する作業であり、小保方さんは200回もSTAP細胞を作成したと述べている。
小保方さんが会見時（2014年4月9日）200回位作成したと述べたことに対し、若山氏は馬鹿にしたような発言（2014年6月16日）をしたようですが、article論文だけを見ても、Extended Data Figure（印刷バージョンでの取扱は分かりません）を含むサンプル数を加算すれば、百回以上STAP細胞作成を行ったであろうと思われます。letter論文もかなりの数のデータが記載されているので、論文に記載されていない予備的な実験を含めれば、200回と言う数字は納得出来る範囲です。
若山氏は共著者ですから、STAP論文に提示されているデータを見ているはずですが。
1週令マウスから再現性よく一定時間でリンパ球を調製すること、ないしは組織から分散した単一細胞を調製すること自体が、熟練を要する（「STAP現象検証実施について」の丹羽さんの説明資料（7/20）ページ参照）。
1週令の小さなマウスから細胞（脾臓リンパ球）を分取し、（一週間の）培養に持ってゆくまでの工程（約1.5H～2H：丹羽さんの説明）には、小保方さんの言う「コツ」、笹井さんの言う「手際」と言ったものがあると、丹羽さんも笹井さんも認識しているように見えます。因みに両者はこの工程に立ち会って、小保方さんが行なっている作業を確認しています。
丹羽さんはこの工程を3回立ち会って見ていると述べています。
培養工程は、自動的に撮影され、人為的なデータ操作は実質上不可能な、ライブ・セル・イメージング（顕微鏡ムービー）装置で観察記録することが出来ます。
2014-07-05
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STAP論文について（その15）
http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/07/05
「STAP細胞解析、若山氏発表誤りか」 やっぱりね！！！
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朝日新聞デジタル
2014年7月5日05時00分
http://digital.asahi.com/articles/DA3S11225911.html?_requesturl=articles%2FDA3S11225911.htmlamp;iref=comkiji_txt_end_s_kjid_DA3S11225911
http://goo.gl/FPXpwW
STAP細胞は、若山教授がマウスを提供し、理化学研究所の小保方（おぼかた）晴子ユニットリーダーがそのマウスから作製したとされていた。若山教授は先月、解析結果をもとに「STAP細胞は自身が提供していないマウスからつくられていた」と説明していたが、若山研究室の関係者は、STAP細胞は若山研究室にあったマウスに由来する可能性を認めた。
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若山氏は過去3回、マウスの株（種類）に関してのミステリアスな情報を持ちだして小保方さんバッシングの材料を提供してきました。
（1）論文とは関係のないお話なのに、若山氏の想定と異なる結果が出たと言うだけのお話を、マウス疑惑としてメディアにリークした件
（2）若山氏の認識ではメスのマウス細胞は無かったのに、STAP論文にはメスのマウスのデータが記載されていると、朝日新聞にリークし、小保方さんの会見（2014年4月9日）直後に疑惑報道を誘導した件
（3）今回の、遺伝子改変マウスの挿入遺伝子染色体位置が若山氏の想定と異なるので、小保方さんが外部からマウスを持ち込んだかのように説明した件
（1）は論文と無関係であるし、恐らく（3）と同様に若山研究室内部の管理上のお話と想像されます。
（2）の件は、小保方さんが明確に回答しています。朝日新聞は訂正記事を出しましたでしょうか？
（3）はSTAP論文でのキメラ実験の評価に影響与えるものでは全くないのに、STAP捏造説を裏付けるものかのように報道されました。
いずれにしても、マウスの株（種類）に関してのミステリアスな情報を持ちだしての小保方さんバッシングは、STAP論文についての科学の場での論議ではなかった分けでして。
2014-07-05
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小保方さんのSTAP現象再現実験を阻もうとするかのように、小保方バッシングが強まっているようです。
これもその一例：STAP論文について（その15）
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20140705-00000007-mai-sctch
http://goo.gl/YcEcM8
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＜STAP論文＞12年サイエンス審査時 ES細胞混入指摘
毎日新聞 7月5日（土）2時31分配信
STAP細胞の論文不正問題で、小保方晴子・理化学研究所研究ユニットリーダー（当時は客員研究員）らが、2012年7月にほぼ同じ内容の論文を米科学誌サイエンスに投稿した際、審査した査読者からES細胞（胚性幹細胞）が混入した可能性を指摘されていたことが、毎日新聞が入手した資料で明らかになった。
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小保方氏らは、緑色に光る細胞の画像を万能性に関する遺伝子が働いた証拠として掲載していたが、サイエンスの査読者からは「死にかけた細胞が光る現象ではないか」などと疑う意見が出された。
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記事を書いた記者は査読者よりのコメントを誰から入手したのだろうか。まさか理研内に私信を盗み読みしてメディアにリークする人物はいないとは思いますが、或いは小保方さんから査読者コメントを転送された共著者がリークしたのでしょうか。それは若山氏と言うことなのでしょうか。
小保方さんが外部からマウスを持ち込んだなどと言う会見（2014年6月16日）が間違っていたことを訂正することもなく、またぞろバッシングを誘うネタを、しかも小保方さん宛の私信を小保方さんの承諾を得ずに（と思いますが）リークするなぞと言うのは考えられないのですが（STAP論文について（その15）参照方）。
この署名記事の女性記者は、執拗にSTAP捏造説を誘導するような記事を書いているようですね。明確な誤報記事の訂正をしたのだろうか。
例えば、例のテラトーマ実験に関し、マウス購入伝票の購入日付（理研内部からのリーク情報）は、小保方さんの主張と合致しているにも拘わらず、その購入予算が科研費と言う文科省予算なのでSTAP研究用のマウス購入ではあり得ない、よってこのマウスで実験が行われたはずがない、とこじつけて、実際に行われたテラトーマ実験を、捏造であるかのように印象操作する記事を書いた記者ですね。STAP論文の Acknowledgements の Financial support の部分に Scientific Research in Priority Areas （20062015） to T.Wakayama 、として科研費の番号も記載されているのです。STAP論文は読んでいないようですね。
サイエンス誌投稿時の査読者のコメントを引き合いに出して、はたまたSTAP捏造説を誘導しようとしているようですが,
ここのオーディオファイルの小保方さんの説明を素直に聞く耳を持たないのでしょうね。
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html#videos
http://goo.gl/1qWoBq
「大変驚くべき発見（STAP現象のこと）ですが、この発見を納得して貰うのには困難がありましたか？」との natutur記者の質問に対しての小保方さんの応答です（私の聞き取り能力の許す範囲ですが）。
QUOTE
Because I was so naive I didn't understand why you won't belive me. In addition I didn't know what kind of data could convince the people. Therefore I just tried to collect the data which never can be created by other cells. And it took almost five years from there, perfecting experiments.
UNQUOTE
「私は結構単純な方でしたので、何故（STAP現象を）信じて貰えないのか理解出来ませんでした。加えて、どんなデータがあれば納得してもらえるのかも判りませんでした。そこで、（STAP現象なしでは）他の細胞では決して生じ得ないデータを集めることにひたすら努力しました。そうして実験を仕上げるのに約5年間を費やしました。」
小保方さんがSTAP現象、STAP細胞を再現出来るのか否かを見守るのが、科学的な態度と思うのですがね。
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