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「「STAP細胞事件」−ES細胞の混入?そんな単純な事件ではない! 2015.07.22」(和モガ)
http://www.asyura2.com/15/nature6/msg/103.html
投稿者 南青山 日時 2015 年 7 月 31 日 06:18:47: ahR4ulk6JJ6HU
 

「「STAP細胞事件」−ES細胞の混入?そんな単純な事件ではない! 2015.07.22」
(和モガ)
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-81.html


★この記事のポイントは末尾に出てくる次のパラグラフだろう。
「この調査では残存する試料のゲノム解析やSTAP 論文において用いられたNGS(次世代シーケンサー )塩基配列データの解析を行っていて、報告も専門的で、素人には手が出しにくい。また、科学コミュニティからも異議が上がっていないが、共著者が混入を否定した根拠に報告書は何も答えていないことから、やはり、ES細胞の混入という証拠はないのではないかと思い、報告書を少しずつ読み解いていった。
案の定、報告書にはES細胞の混入という証拠はない。あるのはSTAP幹細胞と極似したES細胞が存在するという証拠だけである。そしてSTAP幹細胞の中にはES細胞の混入なく作られたと思われるデータもある。ES細胞の混入などという単純な事件ではないということだ。」
★わかりやすく抜き書きすると、「報告書にはES細胞の混入という証拠はない」「あるのはSTAP幹細胞と極似したES細胞が存在するという証拠だけである」「そしてSTAP幹細胞の中にはES細胞の混入なく作られたと思われるデータもある」となる。
★末尾の「STAP細胞事件年表」も事件を振り返る上で参考になるはずだ。
(南青山)



STAP騒動が持ち上がったとき、一つの細胞が個体の全遺伝子情報を持つ以上、ある刺激で細胞が万能細胞になったとしても不思議ではないと考えていた。STAP論文の共著者3人は当然、その存在を確信しているようだった。STAP細胞を見たことのない者が自家蛍光(※1)とか、トリソミー(※2)とか、ES細胞の混入(※3)とか、いろいろ否定的な意見を並べていたが、そんな外野の声より、実際にSTAP細胞を見たという、一流の研究者の話を信じていた。

・若山氏 2014年2月アメリカの幹細胞生物学者Knoepfler氏のインタビュー記事 
http://www.ipscell.com/2014/02/interview-with-dr-teru-wakayama-on-stap-stem-cells/
「私はSTAP細胞からSTAP幹細胞を複数回、樹立していますので、その度にES細胞が混入するとは考えにくいです。さらに、129B6GFPマウスからSTAP幹細胞を樹立したときは、その種のES細胞株を持っていませんでした。また、全体のmRNA発現データはSTAP幹細胞がES細胞ではないことを示唆しています。」

・丹羽氏 2014年4月7日記者会見での発言
「小保方さん自身がリンパ球採取からSTAP細胞までの一連の流れというのを、もちろん自分の目で確認をしています。何回ありましたかね。3回とかでしょうか。そこがプロトコールエクスチェンジを書くにあたって逐一、手順を確認する必要がありましたので、そういう作業を行いました。」(34:50〜)

(全録)「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見 質疑応答(2/3)
https://www.youtube.com/watch?v=kJyXSJ03-og&feature=youtu.be


「少なくとも今、私が知る範囲の知見を持ってすると、そういう仮説(ES細胞/TS細胞混入)が真である確率は低いのではないかという位置づけです。こういう答えがない状態でこれまで恐らくES細胞のコンタミ(混入)だという話だけで一部、かたをつけようかというような話もあったと思うんですが、専門家の判断からすると、そんな簡単なものではないのではないですかということを今日、申し上げたわけです。」(0:00〜)

(全録)「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見 質疑応答(3/3)
https://www.youtube.com/watch?v=83LKlS8h8vI&feature=youtu.be


・笹井氏 2014年4月16日記者会見での発言
「STAP現象という方が正しいと思うんですが、体細胞から外部刺激によってリプログラミングがされて多能性を持つという現象、この現象をもしも存在しないと思っていたら共著者には加わってなかったと思います。・・・ES細胞の混入などは論文を書く前から、当然、研究者としては常に、真っ先に考えるようなことのひとつですので、それは論文を出す前から、それでは説明が出来ないということを何度も確認はしております。・・・例えば、内部細胞塊の初期の細胞を小保方さんが取ってきてSTAP細胞だと言って入れたということは、細胞のサイズの大きさが極端に違うことから世界の若山さんが間違えるわけはない。そういう風なことをひとつひとつ考えていく中で、その反証仮説として非常に私の中で説得力の高いものは、現在のところは見出していません。」(5:35〜)

笹井芳樹氏会見質疑応答全収録;STAP細胞問題16日午後、都内
https://www.youtube.com/watch?v=zZ5l-ABjEyc&feature=youtu.be


しかし、若山氏は2014年3月を境にその発言を翻し、笹井氏は自殺をしてしまった。小保方氏、丹羽氏グループの両者によるSTAP現象の再現も成功せず(部分的には成功している)、STAP論文を調査していた「研究論文に関する調査委員会」(以下、「桂調査委員会」)は2014年12月25日、報告書(http://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf)を提出し、調査を終えた。この報告書の30ページにはSTAP細胞について次のように書かれてある。

「第一は、本調査により、STAP 細胞が多能性を持つというこの論文の主な結論が否定された問題である。その証拠となるべき STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラ、テラトーマは、すべて ES 細胞の混入に由来する、あるいはそれで説明できることが科学的な証拠で明らかになった。STAP 論文は、ほぼすべて否定されたと考えて良い。これだけ多くの ES 細胞の混入があると、過失というより誰かが故意に混入した疑いを拭えないが、残念ながら、本調査では十分な証拠をもって不正行為があったという結論を出すまでには至らなかった。これは、本調査委員会の能力と権限の限界でもあると考える。」

「桂調査委員会」の結論は、以下の2つである。
@STAP細胞はES細胞の混入である。
A誰が混入させたか、また、過失か故意かは分からない。

Aは意外に思った人も多いと思うが@については予想通りの結論であり、世間的にはこれがすんなり受け入れられてしまった。

この調査では残存する試料のゲノム解析やSTAP 論文において用いられたNGS(次世代シーケンサー )塩基配列データの解析を行っていて、報告も専門的で、素人には手が出しにくい。また、科学コミュニティからも異議が上がっていないが、共著者が混入を否定した根拠に報告書は何も答えていないことから、やはり、ES細胞の混入という証拠はないのではないかと思い、報告書を少しずつ読み解いていった。

案の定、報告書にはES細胞の混入という証拠はない。あるのはSTAP幹細胞と極似したES細胞が存在するという証拠だけである。そしてSTAP幹細胞の中にはES細胞の混入なく作られたと思われるデータもある。ES細胞の混入などという単純な事件ではないということだ。いつもながら、世間が認識している事件とは全く違う事件の様相になったが、それを根拠を示しながら書いていこうと思う。

参考に「STAP細胞事件年表」を掲載しておく。

STAP細胞事件年表


http://wamoga.blog.fc2.com/img/201507072036362f7.png/


自家蛍光(※1)
小保方氏が使ったマウスには万能細胞になると緑色に光るよう遺伝子操作されたマウスの細胞が使われていた。最初は光らない細胞が2、3日経つと光り始めるので万能細胞になった証拠とされた。一方、自家蛍光とは死んでいく細胞が同じように緑色に光る現象で、これを見間違えたというのが自家蛍光説である。当初、他の研究所で再現実験に成功したという報告は後で自家蛍光であったと訂正されている。理研が行った再現実験では緑色に光る自家蛍光でない細胞が確認されている。STAP細胞を作製するときには酸処理により8割の細胞が死んでいくが、遅延性の細胞死となる。このため自家蛍光と緑色に発色するSTAP細胞が混在することになる。

トリソミー(※2)
染色体が通常の2本対ではなく3本対になっている染色体異常のことを指す。小保方氏が公共データベースに登録した遺伝子情報を解析して、このトリソミーが8番染色体にあるのを見つけたという報告があった。8番染色体のトリソミーは胎仔として生まれることができない遺伝子異常であるため、1週齢の仔マウスから作ったという論文の説明は成り立たないとの指摘であった。さらにそれは長期培養したES細胞によく見られる現象だったので、ES細胞であるとされた。しかし、STAP細胞も増殖能力は低いが細胞分裂を起こすので8番染色体にトリソミーが起きても不思議ではないという専門家もいる。また、このSTAP細胞の試料はすぐに死んでしまうので論文に用いられた細胞とは違うのではないかという指摘もある。

ES細胞の混入(※3)
ES細胞とは受精卵が胚盤胞と呼ばれる初期の段階になったとき、その内部細胞塊を取り出し、特殊な培養をすることにより作られる多能性細胞である。ES細胞は胎盤にはならないことが知られているが、STAP細胞は胎盤にも寄与しており、ES細胞の混入ではこの説明が付かないとされる(ただし、胎盤にみえるのは卵黄嚢だという指摘もある)。丹羽氏によるとFI幹細胞の培養条件下で、ES細胞を培養してみたが、特に形態変化することなく、4〜5回の継代後には全滅したと証言しているので、これもES細胞の混入では考えにくい。また細胞の大きさもSTAP細胞はES細胞の1/2程度で細胞質もほとんどない、特殊な細胞で外見上にも違いがあるとされる。  

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コメント
 
1. 2015年7月31日 17:56:45 : efYYgyF3F6
まーた論破されて撃沈or撤回された共著者の擁護発言の焼きまわしか
おまえらほんとワンパターンだなw


>STAP細胞を見たことのない者が自家蛍光(※1)とか、トリソミー(※2)とか、ES細胞の混入(※3)とか、いろいろ否定的な意見を並べていたが、そんな外野の声より、実際にSTAP細胞を見たという、一流の研究者の話を信じていた。

「一流の研究者」はその会見のあとに、「外野の声」が出たとたん反論することなく沈黙しちゃってるんですけどw

>私はSTAP細胞からSTAP幹細胞を複数回、樹立していますので、その度にES細胞が混入するとは考えにくいです。

偶発的混入の否定。意図的混入までは否定してない。


>129B6GFPマウスからSTAP幹細胞を樹立したときは、その種のES細胞株を持っていませんでした。

若山研になかった細胞が入っていたことがのちに判明。
http://www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2015/01/201503_040.gif


>また、全体のmRNA発現データはSTAP幹細胞がES細胞ではないことを示唆しています。
>少なくとも今、私が知る範囲の知見を持ってすると、そういう仮説(ES細胞/TS細胞混入)が真である確率は低いのではないかという位置づけです。


都合のいい時に都合のいい細胞をもってきて全部「STAPです」と言ってるだけなんだから当たり前。ネッシーだとされたその証拠となる切片が、例えば尻尾はワニだったり、おなかの皮膚がゾウだったりするわけです。「ワニ(だけ)では説明がつかない」のは当たり前。

遠藤氏の解析によれば,遺伝子解析実験に用いられた細胞は,同じ名前で論文に出てきても,その中身は実験によってまちまちだ。 http://www.nikkei-science.com/201412_034.html


>細胞のサイズの大きさが極端に違うことから

「お掃除細胞のマクロファージに追い回されているように見える動画(下記)は、緑色の細胞が死にかけの状態であることを示しているようにも見えます。」http://nosumi.exblog.jp/20586616/

「ちゃんと死細胞弾いてるFACSパターン見せてくれればよいのに」「そもそも話に合う様にサンプルごとにvoltage変えてる時点でアウトです。コンペンセーションもまったく理解してないしね。このFig一点をもって、「FACSで確認した」は全てナンセンスです。https://twitter.com/Yashiro_Y/status/456331046296899584


>自家蛍光(※1)
>理研が行った再現実験では緑色に光る自家蛍光でない細胞が確認されている。STAP細胞を作製するときには酸処理により8割の細胞が死んでいくが、遅延性の細胞死となる。このため自家蛍光と緑色に発色するSTAP細胞が混在することになる。

そんな報告どこにも書かれてないけど。

「STAP現象の検証結果 理化学研究所」
緑色蛍光陽性細胞の出現が十分には得られなかった状況下において、再現性をもって GFP 陽性を自家蛍光と区別し、多能性細胞特異的分子マーカーの発現と対応づけることは出来なかった。 http://www3.riken.jp/stap/j/r2document1.pdf


>トリソミー(※2)
>STAP細胞も増殖能力は低いが細胞分裂を起こすので8番染色体にトリソミーが起きても不思議ではない

まず産まれないはずの胎児がバンバン生まれているって時点で不思議通り越してあり得ないってこと。


>ES細胞の混入(※3)
>STAP細胞は胎盤にも寄与しており、ES細胞の混入ではこの説明が付かないとされる

564 名無しゲノムのクローンさん[sage] 2014/04/07(月) 06:56:47.63

>>476
STAP細胞はなぜ胎盤にも分化できたか、というのは二重の誤解による

まず、この画像を見て
これはTS細胞が胎盤に分化することを示したもの(東京大学農学部の実験)
ttp://www.vm.a.u-tokyo.ac.jp/seika/PNAS2009Press/Fig2small.jpg

次に、この画像を見て
bが、STAP細胞が胎盤にも分化することを示す証拠とされている画像なんだけど
ttp://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/images/nature12969-f1.jpg

光り方が全然違うでしょ
STAP細胞が胎盤にも分化するというのは、そもそも誇大広告である
これが1つめの誤解

2つめの誤解は、ES細胞は胎盤にはまったくなれない、というもの
胎盤の血管など一部組織は、内部細胞塊に由来するものだから、本当はES細胞でも光らなきゃおかしい

下の図のaを見てほしいんだけど、この写真がその点でおかしい
ES細胞でも本来光るはずの臍の緒でつながっている血管すら光ってない

ES細胞は胎盤に分化できないが、STAP細胞はできる、という文脈を「きれいに」示そうとして
2つの画像に何らかの撮影条件の違いを与えているものと思われる

結論を言えば、STAP細胞が胎盤にも分化できることを証明する画像は、論文の中に存在しない
ES細胞でも分化し得る胎盤の一部組織が光っていることを示す画像があるだけ
そして、それを誇大広告するために、
ES細胞とSTAP細胞によるキメラマウスを対照している画像に何らかの操作を加えている


>FI幹細胞の培養条件下で、ES細胞を培養してみたが、特に形態変化することなく、4〜5回の継代後には全滅したと証言しているので、これもES細胞の混入では考えにくい。

じゃーES混ぜたのは培養した後かもね

ってだけの話。


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