http://www.asyura2.com/15/nature6/msg/106.html
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「「STAP細胞事件」-STAP細胞はES細胞の混入なく作られていた 2015.07.22」
（和モガ）
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-83.html
★下で紹介した「「STAP細胞事件」－ES細胞の混入？そんな単純な事件ではない！ 2015.07.22」（和モガ）、「STAP細胞事件」－STAP細胞はES細胞の混入であることは証明されていない 2015.07.22」（和モガ）の続き。
★桂調査委員会の「調査結果報告」のスライド資料で紹介されている「FLS3、CTS1、129/GFP ESはFES2よりFES１により近縁である」と書かれている近縁率表を使って、「STAP幹細胞、FLS3が作られたときは、それに相当するES細胞はなく、FLS3はES細胞の混入なく作られた」ことを明らかにしている。
★これはいったい何を示しているのだろうか。
（南青山）
桂調査委員会の「調査結果報告」（http://www3.riken.jp/stap/j/h9document6.pdfhttp://www3.riken.jp/stap/j/h9document6.pdf）というスライド資料の11ページに表題「FLS3、CTS1、129/GFP ESはFES2よりFES1により近縁である」と書かれている近縁率表がある。
この近縁率表はSTAP幹細胞、FLS3（FLS1～8のうちの一つ）とFI幹細胞、CTS1（=CTS-1）と小保方研で見つかった129/GFP ESが2つのES細胞、FES1とFES2のどちらに近いかを示した表である。
ここでまず次のことを理解しておく必要がある。
・マウスのDNAの2本鎖を繋ぐ塩基対は約30億塩基対あり、塩基対はA-T、T-A、G-C、C-Gの4パターンある。
・塩基対にはマウスの1％以上（突然変異ではないことになる）に通常の塩基対とは異なる塩基対が見られる箇所があり、それらをSNPs（一塩基多型）と呼ぶ。
・マウスには約300万のSNPsが存在し、そのSNPsを調べればマウス系統の違いなど個体差を知ることができる。
そして、この表は以下のことを示したものである。
・FLES1とFLES2のSNPsをそれぞれ突き合わせると両者で異なるSNPsが24,649塩基対見つかった。この異なるSNPsはおおよそ、一方が通常の塩基対でもう一方が変異した塩基対であるということができる。
・そこで、FES1、FES2に対してFLS3、CTS1、129/GFP ESのそのSNPsがそれぞれどうなっているかを調べ、近縁率（一致率）として表にした。
近縁率
この表で、横軸3番目のFES1と右端の縦軸の129/GFP ESの交差する位置に③99.28％と書かれている数字がある。この数字の意味は、FES1の10,000個のSNPsのうち9,928個の塩基対が129/GFP ESの塩基対と一致し、72個が一致しなかったことを表している（逆もまた言える）。ES細胞を培養すると細胞分裂を起こし、塩基対に変異が起こることが知られている（培養変異）ので、ざっくり言うと、FES1のES細胞で通常の塩基対となっているSNPsの部分の72個が、培養変異により、特異な塩基対へと変異したと考えることができる。
ここで、桂調査委員会の結論ではES細胞、FES1（2005年12月凍結）が小保方研に129/GFP ES（作成日不明）として残り、これが混入してSTAP幹細胞、FLS3（2012年2月）と書かれたES細胞になったということになる。これらを時間軸にして、図に表すと以下のようになる。
桂調査委員会の矛盾
FES1から129/GFP ESが作られ、129/GFP ESの混入でSTAP細胞が作られ、培養によりSTAP幹細胞、FLS3が出来たのであれば、FES1からみて当然、近縁率は129/GFP ESより下がるはずである。これが129/GFP ESより上がっているのはFES1→129/GFP ES→FLS3の流れではないからで、実際にはFES1→FLS3→129/GFP ESの流れであったためだ。すなわち、STAP幹細胞、FLS3が作られたときは、それに相当するES細胞はなく、FLS3はES細胞の混入なく作られたことをこの近縁率表は示している。
このES細胞はSTAP細胞が出来た後に作られ、それが作成日不明、作者不詳の形で盗まれたとする小保方研の冷凍庫から見つかったことになる。
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